一、丢失增值税专用发票
出口企业和其他单位丢失增值税专用发票抵扣联的，在增值税专用发票认证相符后，可凭增值税专用发票的发票联复印件向主管出口退税的税务机关申报退（免）税。
出口企业和其他单位丢失增值税专用发票的发票联和抵扣联的，经认证相符后，可凭增值税专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的丢失增值税专用发票已报税证明单，向主管税务机关申报退（免）税。
如果增值税发票全部联次都丢失了，小编建议您还是请销货方重新开具吧。（已抄报税的先开具相应红字发票）
二、丢失出口退税有关证明的
出口企业或其他单位丢失出口退税有关证明的，应向原出具证明的税务机关填报《关于补办出口退税有关证明的申请》，提供正式申报电子数据。原出具证明的税务机关在核实确曾出具过相关证明后，重新出具有关证明，但需注明“补办”字样。
出口退税相关凭证包括：出口货物代理证明、出口货物转内销证明、出口货物退运已补税（未退税）证明等税务机关开具的相关退税证明。
由于纸质报关单和收汇核销单已不存在，所以各项文件规定中的相关内容也已经作废了。