近些年为了让自贸区更好地发展来南沙税务局对南沙税收优惠等政策深化了放管服改革制度，对后续管理和优化服务等方面进行了研究和实践。
而自主有税申报正是这次南沙税收优惠改革的措施之一，主要是以建立税务机关和纳税人互信机制为出发点，通过自主选定税费和有税申报来扭转过去那种没有纳税义务也要申报的局面。
这样一来，在税务审批制度上，南沙税局将税收减免由事前审批为主向备案备查为主转变，涉税审批事项由自贸区挂牌成立前的54项减少至4项，南沙税收优惠类即时办结率达95.6%。
税务局还建立了能适应南沙自贸区“负面清单”管理模式的税收管理机制，除了“负面清单”的领域，其他一律不设门槛和附加条件，这样不仅能享受到南沙税收优惠政策，还能更快更便捷办理税务业务。
除此之外还全面落实简政放权和推行微信办税，让整个纳税服务流程更规范化和便捷。另外南沙地税局还借助移动互联网平台，推行智能识别、主动推送和简易办理“三位一体”南沙税收优惠政策落实机制，这样能精准判定纳税人应享受到哪种优惠类型。