1、分公司不能办理对外贸易经营备案登记，无法自营出口。
商贸函〔2007〕122号《商务部关于对外贸易经营者备案登记有关问题的通知》按照《中华人民共和国海关对报关单位注册登记管理规定》等规定，已办理备案登记的对外贸易经营者在海关只能办理一次注册登记，其分支机构应用总公司的海关编码申办报关业务。据此，企业的非法人分支机构无法作为独立的经营主体获得并享有外贸权。
也就是说不具有法人资格的分支机构不得办理进出口权。没有进出口权就无法以自己的名义出口，只能委托出口。
2、生产性分公司委托代理公司出口可以办理出口退税。
财税2013 39号文规定出口企业，是指依法办理工商登记、税务登记、对外贸易经营者备案登记，自营或委托出口货物的单位或个体工商户，以及依法办理工商登记、税务登记但未办理对外贸易经营者备案登记，委托出口货物的生产企业。
本通知所称生产企业，是指具有生产能力（包括加工修理修配能力）的单位或个体工商户。
所以，具有生产能力的分公司没有办理对外贸易经营者备案登记通过委托出口货物也属于规定的出口企业范围，能自行办理退税。
3、代理出口分公司办理退税关键要有代理出口货物证明。
代理出口，分公司自行退税，代理公司需要在所在地税务局开具代理出口证明给分公司用于办理出口退税。
委托出口货物，受托方自货物出口报关之日起至次年4月15日前，申请开具《代理出口货物证明》，逾期的，受托方不得申报开具。
纳税人需要提供
1、代理出口协议原件及复印件
2、报关单原件及复印件「出口退税联」
3、委托方税务登记证副本复印件
4、委托方主管税务机关签章的《委托出口货物证明》「国家取消出口退税的货物提供」
5、记载有《代理出口货物证明申请表》有关信息的电子数据「出口退税申报软件中导出」